Suite aux progrès du séquençage ADN, l’entreprise californienne TeselaGen a élaboré une plateforme de prototypage pour faciliter les expérimentations de biologie synthétique.

TeselaGen accélère le prototypage de l’ADN de synthèse

Depuis la récente chute des coûts de séquençage et de synthèse ADN, les startups de science informatique couplées à la biotechnologie surgissent dans la Silicon Valley. Parmi ces nouveaux acteurs, l’entreprise TeselaGen, dont le siège est basé à San Francisco, produit des middlewares (logiciels tiers qui créent des réseaux d'échange d'informations entre différentes applications informatiques) pour des laboratoires de biotechnologie qui veulent concevoir et itérer rapidement des nouvelles combinaisons d’ADN. Forte d'une subvention de 1 million de dollars offerte par la National Science Foundation, l’entreprise construit des outils pour aider les chercheurs à mettre en place et gérer des expériences sur un système informatique et interpréter les données récoltées en laboratoire. D’après le directeur général de TeselaGen, Mike Fero, en élaborant une plateforme de prototypage rapide de biologie synthétique, la vision de l’entreprise est de favoriser et faciliter pour les laboratoires d’analyse, le processus de conception, construction, test et évolution.

Une plateforme pour faciliter les expérimentations

La plateforme informatique élaborée par TeselaGen a donc pour objectif de raccourcir le délai nécessaire pour obtenir le séquençage ADN et exécuter facilement de nombreuses expériences. La plateforme comporte ainsi un ensemble d'outils pour aider à rendre le visionnage, la modification et la gestion des séquences, rapides et faciles. Elle permet également de combiner et assembler une multitude de gènes grâce à un canevas de conception intégré et transparent. De plus, elle fournit un protocole nommé J5 qui comporte un système économique d'assemblage génétique, permettant une rotation rapide du cycle de conception, construction, test et évolution. Enfin, TeselaGen a construit un modèle de conception qui s’appuie sur le Synthetic Biology Open Language, un ensemble ouvert de normes qui aide les biologistes synthétiques et les ingénieurs génétiques à partager des conceptions d'ADN. Comme d'autres sociétés dans le domaine, TeselaGen offre gratuitement son produit aux chercheurs universitaires, mais facture des frais d'abonnement annuels aux entreprises clientes.

L’innovation en biotechnologie grâce aux procédures automatisées

Un biologiste souhaite tester en général 10.000 variantes d'une conception ADN, avec des modifications mineures dans chaque. À l'heure actuelle, le coût de la synthèse de ces nombreuses constructions serait encore trop coûteux et Mike Fero espère pouvoir offrir à l’avenir, une solution pour réduire encore le coût de ces expérimentations. L’émergence de l'innovation des procédures d'automatisation dans le domaine de la Biotechnologie est représentée par le développement des entreprises telles que Transcriptic qui rend des laboratoires entièrement automatisés grâce à la robotique et des entreprises telles que TeselaGen ou Genome Compiler qui fournissent des outils de conception ou de fabrication assistée par ordinateur (CAM/CAD) pour les biologistes. A la différence que de TeselaGen, l’entreprise Genome Compiler ne s’appuie pas sur le Synthetic Biology Open Langage et ne fournit pas d’équivalent au protocole J5 (automation de l’assemblage et conception d’ADN). De la même façon que l’afflux de données modifie la manière dont nous résolvons les problèmes, la prochaine génération de biologistes pourrait se voir utiliser uniquement des interfaces de programmation pour réaliser leurs expérimentations biologiques.

Rédigé par Manon Garnier
Journaliste